Fue la Asociación Federal de Ingresos Públicos (AFIP) quien presentó la denuncia a fines del último diciembre ante el Ministerio Público de la Acusación de Jujuy. 

Según consta en las investigaciones, realizadas en abril de 2016, se verificaron unas 25 cooperativas y varias personas relacionadas con las causas judiciales, al tiempo que la Justicia jujeña analiza incorporar esta denuncia en la causa sobre gastos de fondos públicos, en el marco de la que se secuestraron automóviles y se procedió al embargo de cuatro propiedades. 

En su denuncia, la AFIP comprobó que “había cooperativas" que cumplieron solamente el rol de “emisores de la factura” para recibir los cheques de los Municipios, careciendo de registración contable e impositiva.

Al mismo tiempo, estas cooperativas habrían evadido impuestos y desde el órgano fiscal aseguraron que “se verificó efectivamente como parte de las maniobras el cobro de viviendas  jamás construidas y de viviendas construidas parcialmente  declaradas como terminadas, así como de incrementos de costos por  obras que se declaraban como hechas y jamás fueron realizadas”.

Por su parte, y según detalló el fiscal Anticorrupción, Joaquín Millón: "Los supuestos cooperativistas recibían cheques de obras publicas pero no los cobraban, sino  que los endosaban a favor de la Tupac. El dinero se retiraba e iba a la casa de Milagro. Ella se encargaba de repartir  discrecionalmente y pagar sueldos a cada uno”.